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Signals Notebook™の配列情報

COVID-19のパンデミックに対抗するための新しい治療法やツールが開発されているバイオテクノロジーは、世界の最前線にあります。コロナ危機を背景に、PerkinElmer Informaticsのソリューションは複数の業界に適用できます。例えば私達のお客様は、微生物株を操作して新しい香料を開発し、ゲノム工学によって作物の出来高を向上させ、より環境に優しい化学のために新しい酵素触媒を作成しています。バイオテクノロジーの基盤は、分子配列の設計であり、多くの場合、プラスミドベクターまたはタンパク質配列から始まります。最新のクラウド電子実験ノート(ELN)Signals Notebook™では2021年10月のアップデートで、分子生物学の言語である配列情報のビジュアライズ機能を取り入れました。

既存のインフォマティクスソフトウェアにおいて、配列ファイルの高度な保存ができなかったため、科学者は共有フォルダーにプラスミドやタンパク質の設計を保存、その主な特徴を別のスプレッドシート(あるいは複数のスプレッドシート)で説明したりするなどの次善の策を用いてきました。PerkinElmer InformaticsのSignals Notebookを使用すれば、バイオ医薬品の開発を始める際のデザインプロセスを、これまでになく簡単にドキュメント化できるようになりました。

新しいBiological Sequence Elementは、多様なDNAとタンパク質のファイルタイプをサポートしています。ファイルをExprimentにドロップするだけで、基になる配列の注釈付きマップを素早く簡単に取得できます。Biological Sequence Elementをフルサイズモードで開くと、分子設計のより豊富な特徴をダイナミックに探索できます。分子設計の分野で広く使用されているSnapGeneツールとの統合により、Signals Notebookに格納されている配列の設計・編集が可能になります。

Signals NotebookにBiological Sequence Elementが追加されたことより科学的コラボレーションの可能性も広がります。私は、バイオマーカーの検証とアッセイのサポートのために細胞株の操作に取り組んでいる、あるグループを思い出しました。ロンドン・シカゴ・サンフランシスコにチームがあるグローバル企業です。チームのメンバーは、設計に関するメモや実験のアドバイスと一緒にファイルをEメールに添付して往復させながら、共同作業を行っていました。非常に非効率でサイロ化されたプロセスでした。

現在は、設計と実験の状況をSignals Notebookで直接共有することが可能です。また、コメント機能を使用すれば、価値の高い科学的議論を1対1のEメールメッセージ以外の方法で共有できます。

これらの新機能を私達のパートナーの皆様にご提供できることを、大変うれしく思っています。この新機能へのご感想をぜひお寄せください。また、Signals Research Suite™でバイオ医薬品ワークフローをフルサポートする継続的な取り組みについて、これからもご紹介していく予定です。

PerkinElmer Informatics Annual Nexus 2021ユーザ会議のDAY2に実施された、新しいBiological Sequence Elementに関するMulcahy博士によるプレゼンテーションは、こちらからご覧いただけます。

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ラリー・マルケイヒィ 博士(Larry Mulcahy, Ph.D.)

ラリー・マルケイヒィ 博士(Larry Mulcahy, Ph.D.)は、Signals Research Suiteのバイオ医薬品担当プロダクトマネージャーです。彼の科学的トレーニングと研究のバックグラウンドには、生化学・分子生物学・内分泌学・学術的創薬が含まれています。彼は過去数年間、バイオ医薬品の研究開発に重点を置いたあらゆる業界の科学ソリューション コンサルタントとして、ソフトウェアに携わってきました。